A empresa foi fundada no dia 13 de Abril de 1928, no município catarinense de Blumenau. Foi a primeira empresa de transporte rodoviário de passageiros a adquirir concessão pública no Brasil, com uma linha entre Blumenau e Florianópolis, e é a mais antiga do Brasil ainda em atividade.
Na década de 40, estendeu seu serviço até Porto Alegre.
Na década de 80, adquiriu a Companhia Rex de Transportes Ltda., sediada em Lages.
Em 1995 a Catarinense foi adquirida pelo grupo JCA.
Em 1997 incorporou a Companhia Rex de Transportes Ltda.
Em 1999, adquiriu 23 linhas da Empresa de Ônibus Nossa Senhora da Penha e 5 linhas da Viação Itapemirim S/A.
Hoje conta com 1.300 empregados e uma frota com mais de 400 veículos, atuando em 150 linhas intermunicipais, interestaduais e internacionais.